Certo che si può!
In questa pagina: http://sandbox.yoyogames.com/make/tutorials c'è un tutorial (l'ultimo in fondo) per creare giochi in ambiente 3D alla Doom (basta modificare le meccaniche per trasformarlo in un gioco di "navicelle" spaziali ...). Quindi muoversi in ambienti 3D è possibilissimo. Ripeto, ha anche editor interno (versione PRO, non versione freeware).
Io ho acquistato GM tempo fa e lo so usare abbastanza ... anche se ci sono molti aspetti che devo approfondire.
Non mi sono ancora mai cimentato in un gioco in 3D.
Avevo iniziato a fare un banale platform, che devo ancora completare - la mia attenzione è stata distolta dalla mia avventura grafica ... e ne sono ancora preso visto che ora stiamo cercando di tradurla in inglese .... poi di sicuro mi metterò a sviluppare un'altra AG, visto che è la mia passione - quindi tra una AG e l'altra cerco di creare qualcosina anche con GM ... per ora un banale platform (una specie di versione dark di super-mario) ... ma è solo per prendere confidenza con l'engine